我國GMP明確規定生產特殊藥物場所的空調系統要求獨立設置，在國家相關規定中，某些情況的空氣凈化系統，如深圳廠房裝修，如經過處理仍然不能避免交叉污染時候，則不應該循環使用。如固體口服制劑，發塵多的工序、病原體操作區、放射性藥物生產區、產生大量有害物質、揮發性氣體生產區等；特殊情況的排風系統要單獨設置。如排放有毒、有害氣體、易燃、易爆物質場所：特殊藥物、特殊場所的排風口還有特殊要求；藥品生產品種多、劑型多，每種藥品或者劑型的空氣凈化系統都有不同的要求，這個也是醫藥潔凈廠房的一個比較特殊的特點。

以上要求說明，醫藥潔凈廠房的空氣凈化系統設計必須根據工藝設計要求設置空氣凈化系統，不可反之，哪怕是送風口、回風口的數量和位置，也要按設備布置和工藝操作而定。