一般來說，4(10)級、5(100)級垂直單向流潔凈室，其室內的建筑裝修(墻、頂、高架地板、門窗等)，凈化空調系統(制冷和空調設備、凈化FFU、管道、配件、自控等)加起來的初投資大約為15000-20000元每平方，如果加上純水設備、純水系統，高純氣系統、廢氣排放系統、消防系統、供配電系統、真空清掃系統等設備和管線，其單位面積的初期投資可達30000-40000元每平方，在深圳廠房裝修中也相對甚少。

以1998年建成的上海某大規模集成電路前工序的潔凈室來說，其8時園片的月投資為30000片，中心部分潔凈室面積為10000平方米，其中ISO三級、四級垂直單向流凈化面積為4000平方米，ISO六級、七級非單向流凈化面積為6000平方米，總凈化送風量6400000立方米每小時，除土建體外的初期投資為6000萬美元，相當于每平方米面積的初投資為人民幣50000元每平方。

另外的案例是07年竣工的投產的深圳某TFT基板生產線，潔凈室共800平，其中ISO三級潔凈室200平，ISO四級潔凈室600平，除土建以外的潔凈室的建筑裝修、冷凍、空調、凈化、純水純氣，廢水廢氣、供配電等設備及其管線的總投資3200萬元，折合每平方米面積的初期投資為40000元平方米。

由此可看出，高級別的電子工業潔凈廠房的建造投資是非常昂貴的，如何降低建造費用將會是以后的一個重大的課題。