潔凈室廠房設計首先要了解所設計的潔凈室的用途、使用情況、生產工藝特點等；之后，確定潔凈廠房各功能區的區劃，確定各類生產工序（房間）的空氣潔凈度等級和各中控制參數，進行潔凈廠房的平面布置、空間布置。

       在總平面布置時合理、妥善安排潔凈與非潔凈廠房的位置，潔凈廠房應布置在廠區內環境清潔，人流、物流不穿越或少穿越的區域；合理、妥善安排與各種可能的污染源的位置；合理安排輔助用房（公用動力、環保用房）；在產品生產工藝允許時，盡量組合為大體量廠房。 

       潔凈廠房平面布置要求 ：1.  滿足生產工藝要求，順應流程； 2.  人流、物流、短捷、通暢； 3.  符合消防、安全、衛生規范； 4.  盡量減少潔凈面積； 5.  要求級別嚴格的靠機房、上風側或局部凈化； 6.  主要工序與輔助工序安排，要求嚴者上風側。